Sługa ubogich
Również jego miłosierdzie przysparza mu sławy. Najpierw w Rzymie – będąc jeszcze Sekretarzem Stanu – potem zaś w swojej diecezji ufundował domy, w których udzielano pomocy wszelkim potrzebującym.
W jesieni 1575 roku w Mediolanie pojawia się dżuma. Karol Boromeusz oddaje się bez reszty biednym chorym, mając wystarczającą w tamtych czasach wiedzę medyczną. W zimie 1575/76 roku pozbawia swój pałac wszelkich tkanin nie tylko tych, które nie były niezbędne, aby mogły służyć nieszczęśliwym jako okrycia. Nie zważając ani przez chwilę na możliwość zarażenia idzie wspomóc umierających. Nakazuje stałe modlitwy oraz pokuty dla wyproszenia kresu zarazy. W grudniu epidemia zdaje się ustawać. W styczniu arcybiskup organizuje wielką procesję wynagradzającą. Sam idzie na jej czele boso. Na wiosnę 1577 roku zaraza się kończy. W samym tylko Mediolanie umarło 13 tys. osób, a w jego okolicach – 8 tys.